- 宋丽芳;刘明琛;闫旭佳;高帆;白玉;吴星;毛群颖;卞莲莲;梁争论;
目的 了解我国大陆手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)主要病原基因组的型间重组情况，分析柯萨奇病毒A组(coxsackievirus A, CVA)4型主要重组株的进化起源。方法 收集Genbank中收录的2000—2012(含)年之间CVA2/4/5/6/8/10/12/14/16型和肠道病毒A组71型(enterovirus 71, EV-A71)全基因组序列，应用RDP4和Simplot软件扫描重组事件；对CVA4的主要重组株，基于P3区基因开展进一步分析，应用BEAST.v1.10.4软件构建系统进化树，并进行系统地理发生分析。结果 本研究关注的手足口病主要病原中，CVA2/4/6/8/14/16和EV-A71均筛选到重组株，这提示重组在肠道病毒A组中普遍存在，重组位点多位于5′-UTR、P2和P3区。CVA4主要重组株与EV-A71(JF799986)在P2区发生重组，发生重组的P3基因平均碱基替代速率(mean rate)为7.095×10~(-3)位点/年(95%HPD区间：5.458×10~(-3)～8.885×10~(-3)位点/年),最早共同祖先(the most recent common ancestor, tMRCA)可以追溯到1997.87年(95%HPD区间：1985.71—2005.23年)。结论 我国大陆地区肠道病毒A组流行株均存在型间重组的现象，CVA4的C2亚型重组株可能为近年来我国大陆CVA4持续流行并引发手足口病的主要原因。本研究阐明CVA4重组株的起源进化及分子流行特征，为CVA4毒株监控和手足口病等相关疾病防控工作的开展提供依据。
2022年04期 v.12 260-270页 [查看摘要][在线阅读][下载 10573K] - 杜婵娟;王毅;樊静;何静;熊军;刘强;贾修伟;李伟;刘晓琴;谭琴;任延飞;
目的 了解绵阳市男男同性性行为者(men who have sex with men, MSM)使用男同社交媒体推送的艾滋病防治信息(防治信息)现状，分析其相关因素。方法 用“滚雪球”抽样法，进行四川省绵阳市2020年1—10月MSM使用男同社交媒体防治信息情况问卷调查。男同社交媒体防治信息相关因素的单因素分析用χ~2检验，多因素分析用logistic回归模型分析。结果 共收集有效问卷572份，近6个月男同社交媒体防治信息的使用率为51.4%(294/572),其中表达愿意接受男同社交媒体防治信息的占71.0%(406/572)。最愿意接受的信息来源为平台推送88.7%(360/406)、类型为文字资料39.9%(162/406)、内容为典型案例47.8%(194/406)。多因素分析结果显示，婚姻状况为未婚(OR=2.096,95%CI:1.149～3.831)、社会活动网络较大(OR=1.603,95%CI:1.080～2.380)、近1年做过HIV检测(OR=2.101,95%CI:1.115～3.969)、使用男同社交媒体主要目的是寻找性伴等(OR=1.654,95%CI:1.087～2.517)、使用男同社交媒体频率≥2次/d(OR=2.731,95%CI:1.759～4.240)、近6个月发生无保护肛交(OR=1.976,95%CI:1.209～7.692)者使用男同社交媒体防治信息的可能更大，本地居住时间>12个月(OR=0.183,95%CI:0.034～0.987)、知晓艾滋病知识(OR=0.309,95%CI:0.148～0.645)者使用男同社交媒体防治信息的可能更小。结论 MSM男同社交媒体防治信息的实际使用远低于接受意愿，防治信息的使用与多种因素有关，现有防治信息的使用对目标人群行为改变的影响有限。应进一步提高男同社交媒体推送防治信息的针对性和有效性。
2022年04期 v.12 271-276页 [查看摘要][在线阅读][下载 182K] - 谢学超;赵丽丽;陈磊;曹慧佼;顾美荣;张改梅;
目的 建立人恶性胚胎横纹肌瘤(human rhabdomyosarcoma, RD)细胞工作细胞库，并对RD细胞工作细胞库应用于肠道病毒灭活疫苗滴度的测定及中和抗体检测的可行性进行相关研究。方法 建立工作细胞库，按照《中华人民共和国药典》对其进行检定，包括细胞活力、细胞形态、无菌检查、支原体及细胞外源病毒因子检查等，并对RD细胞生长曲线、传代稳定性及肠道病毒敏感性进行研究。结果 实验建立的RD细胞工作细胞库呈梭形、大的多核上皮样细胞形态，有良好的生长状态，细胞活率为98.85%,无菌检查、支原体以及细胞外源病毒因子指标均符合规定。RD细胞生长曲线呈S型，细胞在3～6 d进入对数生长期，而后到达平台期，细胞倍增时间为27 h,连续传20代细胞形态正常。不同代次RD细胞检测肠道病毒71型(enterovirus 71,EV-A71)、柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus 6,CVA6)、柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus 10,CVA10)、柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus 16,CVA16)肠道病毒的滴度均值分别为(8.20±0.07)、(7.84±0.12)、(7.93±0.09)、(7.34±0.16)lgCCID_(50)/ml,变异系数(coefficient of variation, CV)在0.88%～2.12%。结论 建立的工作细胞库符合《中华人民共和国药典》规定，传代稳定性良好，RD细胞对肠道病毒较为敏感，可以用于肠道病毒疫苗相关病毒滴度的测定及疫苗中和抗体检测。
2022年04期 v.12 277-283页 [查看摘要][在线阅读][下载 3934K] - 徐佳楠;冯玉亮;刘晨霞;杨慧萍;潘明;刘李;
目的 了解四川省2022年1—3月境外输入的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)分子特征。方法 选取2022年1—3月经由成都双流国际机场入境的182例境外输入新型冠状病毒肺炎(新冠肺炎)确诊病例的样本进行变异株核酸检测和病毒全基因组测序及其序列分析。对病例的呼吸道样本提取病毒RNA,用突变核酸检测试剂盒进行变异株核酸检测；采用Illumina测序平台进行病毒全基因组测序，采用Nextclade和Pangolin平台判定病毒谱系及型别，分析病毒的变异位点。与NCBI数据库中SARS-CoV-2参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析并构建系统进化树。结合病例的流行病学资料，分析病毒的来源和相关性。结果 在182例确诊病例的样本中，检测出3例B.1.617.2突变和57例B.1.1.529突变。其余122例未检出上述两种变异突变。本研究共获得40条覆盖度>95%的SARS-CoV-2全基因组序列，Nextclade分型结果显示：3条属于21J型(Delta)、5条属于21K型(Omicron)、32条均属于21L型(Omicron);Pangolin分型结果显示：3条21J型(Delta)分别属于AY.4、AY.109和B.1.617.2,5条21K型(Omicron)均属于BA.1.1,32条21L型(Omicron)属于BA.2。这一结果与截至2022年3月GISAID SARS-CoV-2数据库中Omicron变异株的序列占比达到99.7%、具有绝对优势的结果一致。与参考株Wuhan-Hu-1(NC＿045512.2)比较，3条21J型(Delta)的核苷酸变异位点分别为45、47和42个，氨基酸变异位点分别为36、25和36个；5条21K型(Omicron)的核苷酸变异位点中位数为59个(26～64个),氨基酸变异位点中位数为48个(10～53个);32条21L型(Omicron)的核苷酸变异位点中位数为71个(66～76个),氨基酸变异位点中位数为53个(40～56个)。进化分析结果显示：40条SARS-CoV-2序列均与目前流行的需要关注的新冠病毒变异株相关。结论 四川省持续对境外输入确诊病例的SARS-CoV-2基因组进行全序列测定，使之逐渐形成一套系统化的SARS-CoV-2分子实时监测机制，对防控四川省由境外输入SARS-CoV-2引起的本土疫情暴发与流行具有重要意义。
2022年04期 v.12 284-289页 [查看摘要][在线阅读][下载 413K] - 许丹菡;郭伟;张名;冯昌增;唐靖月;马绍辉;
目的 分析2019年云南省昆明市手足口病相关的2株柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CVA10)分离株3R3/YN/CHN/2019(简称3R3)和4R3/YN/CHN/2019(简称4R3)的基因组特征。方法 对云南省2019年2例手足口病患儿的临床样本中分离到的2株CVA10毒株进行全基因组序列测定。利用MEGA7.0.26、Geneious9.1.4和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列。结果 3R3和4R3毒株的基因组全长均为7 413 nt,全基因组核苷酸和氨基酸序列相似性分别为97.5%和99.4%。与CVA10原型株AF081300/Kowalik/USA全基因组进行比对分析，核苷酸序列相似性均为79.6%,而氨基酸序列相似性分别为95.1%和95.3%;与其他中国大陆CVA10全基因组序列的核苷酸相似性为93.2%～98.2%,氨基酸相似性为98.5%～99.4%。进化分析发现，2株毒株与近年来中国大陆CVA10流行株同属F基因型，位于F3亚型，与分离株KF999764/JL12-51/CHN/2012的同源性最高，形成一个小分支。经Simplot软件分析未发现明显的基因重组。结论 3R3和4R3株属F3基因亚型。CVA10在中国大陆有不同传播链存在。
2022年04期 v.12 290-295页 [查看摘要][在线阅读][下载 3487K] - 李建维;刘安;王茜;高月;王博;孙丽君;代丽丽;张广;李在村;
目的 了解北京市50岁以上人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)感染者接受抗病毒治疗前HIV耐药情况，为预防耐药毒株传播和提高抗病毒治疗效果提供参考。方法 开展2017—2021年首都医科大学北京佑安医院性病艾滋病门诊的连续横断面调查，收集50岁以上未接受抗病毒治疗的HIV感染者基本信息以及初始CD4~+T淋巴细胞、初始病毒载量，采集外周静脉血，提取其HIV-1 pol基因区序列进行测序和分析，采用单因素及多因素logistic回归模型分析，以了解耐药突变位点和对药物的耐药程度及影响因素。结果 535例研究对象中，平均年龄(56.5±6.2)岁，以男性为主(89.7%,480/535),传播途径以同性性行为传播为主(73.3%,392/535);总耐药率为13.5%(72/535)。与非核苷反转录酶抑制剂(non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NNRTIs)、核苷类反转录酶抑制剂(nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NRTIs)、蛋白酶抑制剂(protease inhibitor, PIs)单独有关的耐药分别占84.7%(61/72)、2.8%(2/72)、4.2%(3/72),发生NRTIs和NNRTIs、NNRTIs和PIs交叉耐药分别占5.6%(4/72)和2.8%(2/72);V179D/V179E是NNRTIs主要的突变位点。多因素logistic回归分析结果显示，相对于已婚的研究对象，丧偶或离婚的耐药风险较高(OR=1.98,95%CI:1.00～3.94)。结论 北京市50岁以上HIV感染者抗病毒治疗前耐药发生率较高，以NNRTI类药物单耐药为主，NNRTIs与NRTIs、PIs多重耐药并存，建议参考抗病毒治疗前耐药监测结果，指导个体化的治疗。
2022年04期 v.12 296-303页 [查看摘要][在线阅读][下载 222K]