- 寸建萍;李楠;皮自林;周雪花;曹亿会;姜黎黎;周晓芳;杨溪;伏晓庆;田炳均;
目的 对2021年云南省曲靖市和文山州两地区手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）病原构成及检测到的6株柯萨奇病毒B组2型（coxsackievirus B2,CVB2）VP1区基因特征进行分析，为今后手足口病及CVB2感染的防控提供科学依据。方法 对2021年1—12月云南省曲靖市和文山州收集到的手足口病病例粪便标本开展肠道病毒实时荧光定量反转录聚合酶链反应（real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR）检测，并对结果为其他肠道病毒（非EV-A71及非CVA16）的标本进行VP1区核酸序列测定。按文献下载CVB2病毒VP1基因代表株参考序列，用Mega 5.2软件进行基因特征分析，用邻位相接法构建系统进化树，所用模式为Kimura二参数置换法（Kimura 2-parameter substitution model）。结果 2021年云南省曲靖市和文山州共收集手足口病病例粪便标本1 164份，经real-time qRT-PCR检测，检出肠道病毒阳性标本927份，阳性率为79.64%(927/1 164)，其中EV-A71型109份，占9.36%(109/1 164);CV A16型343份，占29.47%(343/1 164)；其他肠道病毒475份，占51.24%(475/927)。对其他肠道病毒进行基因测序，鉴定出6株CVB2（曲靖市2株、文山州4株），占比为1.26%(6/475)，基因特征分析结果表明6株CVB2病毒属于基因型D中的分支2。结论 2021年云南省曲靖市和文山州的手足口病病例标本中其他肠道病毒阳性检出率最高，两地区均检出CVB2病毒，且同为D基因型中的分支2，提示在今后手足口病病原监测中应加强对其他肠道病毒的分型分析，以便全面了解手足口病的病原构成，为科学防控提供依据。
2024年02期 v.14 119-123页 [查看摘要][在线阅读][下载 1182K] - 普伟;赵福琴;柏桦;姜黎黎;田炳均;伏晓庆;罗春蕊;
目的 对2021年云南省红河州手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）病例标本中分离的2株新型肠道病毒EV-C96的基因特征进行分析，为今后对该病毒的防控提供分子流行病学数据。方法 收集2021年1—12月红河州手足口病病例的粪便和咽拭子标本，从处理后的标本中提取病毒RNA，采用实时荧光定量反转录聚合酶链反应（real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR）法进行病毒鉴定。对鉴定出的其他肠道病毒进行基因测序定型。用肠道病毒特异性引物扩增VP1区基因，用DNAStar软件中的Seqman程序对病毒基因进行编辑、整理，得到其VP1区序列。按文献下载EV-C96病毒VP1基因代表株参考序列，用Mega 5.2软件进行基因特征分析。结果 2021年红河州共报告手足口病病例6 017例，发病率为171.73/10万，其中，经real-time qRT-PCR法确诊的429例手足口病病例中，EV-A71感染57例，占13.29%(57/429),CVA16感染137例，占31.93%(137/429)，其他肠道病毒感染235例，占54.78%(235/429)，用基因测序法从235例其他肠道病毒感染病例样本中检测到2株EV-C96，占0.85%(2/235)。基因特征分析表明这2株EV-C96病毒属C基因型。结论 2021年云南省红河州手足口病病原体以其他肠道病毒为主，其中2株为EV-C96，属C基因型。这是云南省首次从手足口病病例中检测到新型肠道病毒EV-C96。
2024年02期 v.14 124-129页 [查看摘要][在线阅读][下载 1185K] - 陈纯;李意兰;蔡文锋;
目的 了解肠道病毒A组71型（enterovirus A71,EV-A71）疫苗推广使用后广州地区EV-A71手足口病发病情况变化，为手足口病防控提供参考依据。方法 应用“中国疾病预防控制信息系统”2010—2021年广州市各年度报告的EV-A71型手足口病发病、重症和死亡数据，以2016年EV-A71疫苗接种推广使用作为干预分界线，应用中断时间序列方法（interrupt time series,ITS）及卡方检验综合分析EV-A71疫苗推广使用前后EV-A71型手足口病发病率、重症发病率和病死率变化。结果 EV-A71疫苗接种措施实施前后累计EV-A71型手足口病发病率（38.661/10万vs 13.382/10万，χ~2=1 772.28,P<0.01）、重症发病率（1.616%vs 0.197%，校正χ~2=23.958, P<0.01）、病死率（0.307%vs 0.049%, Fisher χ~2=4.116,P<0.05），差异均有统计学意义；通过ITS比较实施前后的发病率、重症发病率和病死率，结果显示，实施前后3个指标均呈现下降趋势，但除EV-A71型手足口病重症发病率斜率改变量（β_1=-0.666,P<0.01;β_3=0.585,P<0.05）差异有统计学意义外，其余指标改变量比较差异均无统计学意义。结论 鉴于广州市EV-A71疫苗推广接种以来，EV-A71型手足口病发病率以及重症和死亡发生率都出现下降趋势，所以尽管存在手足口病每年病原体变化以及新型冠状病毒感染疫情等因素的影响，EV-A71疫苗的推广接种在预防手足口病特别是预防重症和死亡方面可能仍然起到了一定效果。
2024年02期 v.14 130-134页 [查看摘要][在线阅读][下载 1176K] - 吉季梅;李丽娜;吕沈聪;李萍;宋银;陈黎霞;燕勇;
目的 分析浙江省嘉兴市2株与手足口病相关的柯萨奇病毒B3型（CVB3）毒株的全基因组序列特征，为手足口病的监测与防控提供科学依据。方法 收集2021年浙江省嘉兴市辖区内7个区、县疾病预防控制中心上送至嘉兴市疾病预防控制中心的手足口病监测样本，经实时荧光定量反转录聚合酶链反应（real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR）检测后，选取肠道病毒核酸通用阳性的样本接种于人横纹肌肉瘤（human rhabdomyosarcoma, RD）细胞和人喉癌上皮（human larynx carcinoma,HEp-2）细胞进行病毒分离培养，对产生细胞病变效应（cytopathic effect,CPE）的阳性分离株进行高通量测序（Illumina NextSeq 550平台），鉴定出2株CVB3，并获得其全基因组序列。利用DNAstar软件对核苷酸序列及所编码氨基酸进行同源性分析；用MEGA6软件对VP1区进行基因分型，同时进行系统进化树的绘制；采用Simplot3.5. 1软件进行重组分析。结果2株CVB3毒株基因组全长分别为7 352 bp和7 367 bp，其核苷酸和编码区氨基酸相似性分别为93.3%和99.5%。与CVB3原型株相比，2株毒株在编码区无碱基插入或缺失，在非编码区存在个别碱基的插入或缺失，与原型株的核苷酸相似性分别为78.9%和79.1%，编码区氨基酸相似性分别为96.0%和96.1%。VP1区系统进化树分析结果显示，本研究的2株CVB3属于E基因型，与2020年广东省分离株同属于国内新发现的分支（相似性95.09%～98.18%），与国外澳大利亚、日本分离株亲缘性最近。2株CVB3的全基因组及其P1、P2、P3区基因序列系统进化树和Simplot重组分析结果显示，2株CVB3在P2和P3非结构编码区的不同区段与不同血清型的肠道病毒有型间重组现象。结论 嘉兴市的2株CVB3毒株属于国内新发现的E基因型，有重组现象，需关注CVB3的流行潜力并加强监测。
2024年02期 v.14 135-144页 [查看摘要][在线阅读][下载 1925K] - 张瑶;田玉玲;王慧玲;王娜;王利武;谢智博;李汶霞;王雅各;宋金华;夏百成;孙馨;张燕;纪龙;
目的 了解2019—2022年吉林省长春市某哨点医院儿童急性呼吸道感染（acute respiratory infections,ARIs）病例中肠道病毒的流行情况及型别组成。方法 采集2019年6月—2022年12月长春市儿童医院ARIs患儿的咽拭子样本，并收集患儿临床信息，用描述性分析方法对肠道病毒感染病例的性别、年龄和季节分布情况进行分析。采用实时荧光反转录聚合酶链反应（real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR）技术检测肠道病毒，使用反转录聚合酶链反应（reverse transcription PCR,RT-PCR）技术扩增肠道病毒VP1全长并进行系统进化分析。结果 共采集2 707例ARIs病例的咽拭子样本，检出肠道病毒阳性样本65例，检出率为2.40%。65份阳性样本中，32.31%(21/65)为混合感染，以肠道病毒和鼻病毒的双重混合感染最为常见，占肠道病毒阳性病例的10.77%(7/65)。2019—2022年春季、夏季、秋季和冬季肠道病毒的检出率分别为0、6.91%(40/579)、2.90%(21/725)和0.45%(4/894)，不同季节肠道病毒检出率差异有统计学意义（χ~2=78.036,P<0.01），夏季检出率最高，秋季次之。本研究共鉴定出10种型别肠道病毒，分别为CVA2、CVA4、CVA5、CVA6、CVA10、CVA16、CVB3、E11、E18和EV-D68，其中CVA4检出最多，占比为44.82%(26/58)，其余型别检出占比为1.72%～12.07%。结论 2019—2022年长春市儿童ARIs病例中肠道病毒夏秋季检出率较高，肠道病毒感染以EV-A组为主。
2024年02期 v.14 145-151页 [查看摘要][在线阅读][下载 1263K] - 王钰;汤晶晶;柏桂珍;丁峥嵘;
目的 了解上呼吸道感染患儿中肠道病毒（enterovirus,EV）流行病学特征，为防控肠道病毒相关呼吸道感染提供依据。方法 2021年1月─2022年9月在昆明市儿童医院门诊采集上呼吸道感染患儿咽拭子标本，提取标本RNA，使用实时荧光定量反转录聚合酶链反应（real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR）检测肠道病毒核酸，阳性标本采用半巢式反转录PCR(semi-nested reverse transcription PCR,semi-nested RT-PCR)方法进行VP1编码区扩增、测序和基因定型，用生物信息学软件进行分子流行病学相关分析；采用SPSS20.0统计分析软件进行数据分析。结果 1 023例患儿中肠道病毒阳性率为46.82%(479/1 023)，对94例（19.62%,94/479）标本成功扩增并测序，鉴定出17种基因型：60例（63.83%,60/94）鉴定为EV-A种中的7种基因型；33例（35.11%,33/94）鉴定为EV-B种中的10种基因型；1例（1.06%,1/94）为EV-C种的脊髓灰质炎病毒Ⅰ型疫苗株病毒。监测期间除个别月份外，肠道病毒月检出率均≥40.00%。<1岁、 1～<6岁、 6～<9岁和≥9岁年龄段儿童肠道病毒检出率分别为42.89%(169/394)、48.85%(213/436)、47.17%(75/159)和64.71%(22/34)，不同年龄段肠道病毒阳性检出率差异无统计学意义（χ~2=7.54,P=0.057）。发热、咳嗽和疱疹为主要临床症状，临床诊断以疱疹性咽峡炎（20/90,22.22%）和感染性发热（19/90,21.11%）为主。系统进化分析结果显示，同型别本地序列、参考株与原型株汇聚在一大分支内，本地序列具有相对较近亲缘关系，与原型株距离较远；同时间段内，同型别本地序列呈现多条传播链共循环；或在不同时空，同一毒株发生了远距离跨区域传播。结论 肠道病毒是昆明市本地呼吸道感染的重要病原，由多种型别引起，本地肠道病毒形成了独特的进化分支。
2024年02期 v.14 152-158页 [查看摘要][在线阅读][下载 1217K] - 谢学超;陈磊;赵丽丽;徐颖之;顾美荣;张改梅;
目的 建立肠道病毒A组71型（enterovirus A71,EV-A71）灭活疫苗病毒参考品，用于病毒滴度内部质控品及灭活效果验证实验室评价。方法 建立1批病毒参考品，按照《中华人民共和国药典》对其进行检定，包括无菌、支原体及分子生物学鉴定检查等。对其滴度进行标定和储存稳定性研究，并进行病毒滴定和灭活效果验证方面的应用研究。结果 建立的EV-A71病毒参考品无菌检查及支原体检查结果均符合规定。分子生物学鉴定结果显示参考品只含有单一的EV-A71 VP1特异性条带。EV-A71病毒参考品标定后的滴度平均值为7.000 lgCCID50/ml(95%CI为6.917～7.083 lgCCID50/ml)，可接受范围为6.566～7.434 lgCCID50/ml，变异系数（coefficient of variation,CV）为3.01%，于-60℃及以下存放12个月的CV为2.08%，稳定性良好。将参考品作为病毒滴定测定的内部质控品应用于日常监测50次试验，滴度趋势分析结果显示未出现超趋势现象（out of trend,OOT）且均在警戒限内；将参考品作为阳性对照应用于灭活效果验证，结果显示细胞感染法及免疫荧光法的检测结果较为一致。结论 建立了EV-A71病毒感染性滴度检测用参考品（EV-A71病毒参考品），12个月内储存稳定性良好，可用于EV-A71灭活疫苗生产工艺中病毒滴度评价和控制，以及作为灭活效果验证中的阳性对照，从而为单价或多价肠道病毒灭活疫苗的研究提供理论依据。
2024年02期 v.14 159-165页 [查看摘要][在线阅读][下载 1231K]
- 吴守业;王亚洲;李秋琼;王汝琼;郭钰萍;胡玲;吴晓丹;
目的 分析海口市某哨点医院儿童流行性感冒（简称流感）的流行病学特征，了解流感优势病毒株，为流感防治提供科学依据。方法 收集2021年10月—2022年9月海南省海口市流感监测哨点海南省妇女儿童医学中心的儿童流感样病例（influenza like illness,ILI）资料并采集患者发病早期的鼻咽拭子标本，用实时荧光定量反转录聚合酶链反应（quantitative real-time polymerase chain reaction,real-time qRT-PCR）检测样本中流感病毒核酸，以流感监测年度为周期对监测ILI病例数、年龄、发病季节以及流感病毒核酸阳性结果进行描述性分析。结果 共采集ILI咽拭子标本3 670份，流感病毒核酸阳性498份，阳性率为13.57%，其中甲型H3N2流感占56.22%(280/498)，其次为乙型流感占37.35%(186/498)，甲型H1N1流感占比最低，为6.43%(32/498)。各年龄组儿童均可发病，其中流感病毒阳性检出率以3～<6岁年龄组为最高（144/853,16.88%）；其次为1～<3岁年龄组（152/929,16.36%）和6～<10岁年龄组（109/826, 13.20%）。甲型H3N2和H1N1流感病毒均在1～<6岁年龄组检出率最高（分别为68.22%和71.88%），而乙型流感病毒在6～<10岁年龄组检出率最高（38.71%）。秋冬季为流行高峰，以乙型流感和甲型H1N1流感为主；暴发最高峰为夏季6月，占41.37%(206/498)，其中99.51%(205/206)为甲型H3N2流感。结论 海口市儿童流感病毒流行特征具有明显的年龄和季节分布特点，建议加强6岁以下学龄前儿童的疫苗接种，加强免疫屏障，从而有利于儿童流感防控。
2024年02期 v.14 166-170页 [查看摘要][在线阅读][下载 1107K] - 蒋丽娜;袁俊;李永红;刘银品;陈华凤;王晶;曾竣;
目的 分析一起新型冠状病毒（新冠病毒）感染聚集性疫情的流行病学特征，为传染病防控提供科学依据。方法 收集2022年7月28日至8月5日广西崇左市宁明县一起新型冠状病毒感染疫情现场流行病学调查数据，采集病例及密切接触的鼻咽/口咽拭子并进行全基因组序列比对分析。采用Excel 2010对数据进行处理和分析，使用R软件计算基本再生系数（R0）和实时再生系数（Rt）。结果 该起聚集性疫情的指示病例为某货车司机，其在2022年7月26—29日期间累计感染14人，并导致了疫情的扩散蔓延。整起疫情最少传播1代，最多传播4代，累计感染38人；时间分布上存在2个高峰，分别为7月31日和8月3日；年龄以30～60岁为主（26/38,68.42%），职业以餐饮服务人员为主（9/38,23.68%）；发现方式以管控人员为主（30/38,78.95%），非管控人员主要在疫情的早期被发现；病例接触感染源后可检出新冠病毒核酸阳性的时间在2～5 d；该起疫情流行株为奥密克戎变异株BA. 5.2的进化分支毒株，R0为6.79(95%CI:3.33～12.07),Rt先上升后下降。结论 本起疫情是由一货车司机引起的奥密克戎病毒超级传播，应做好货车司机，尤其是边境地区货车司机的管理，以减少类似疫情的扩散蔓延。
2024年02期 v.14 171-175页 [查看摘要][在线阅读][下载 1187K] - 覃达文;洪章萍;蒙楠;王艺;沈渡;胡勇;杨兴林;
目的 选取贵阳市公共卫生救治中心接受抗反转录病毒治疗（antiretroviral treatment,ART）前的人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者进行基因亚型及耐药研究，为贵阳市艾滋病防治工作提供科学依据。方法 收集贵阳市公共卫生救治中心2021年1月1日—12月30日接受ART前的HIV-1感染者160例，采集HIV-1感染者外周静脉血样本，通过巢式聚合酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增HIV-1 pol区基因，采用Sanger法进行测序。使用HIVdb Program在线工具进行耐药突变分析，采用Fisher确切概率法对调查对象人口学特征、基因亚型分布及耐药情况进行分析。结果 160份HIV感染者样本中成功扩增得到143条基因序列。11例HIV感染者发生ART前耐药，耐药率为7.69%(11/143)。HIV-1感染者存在6种基因亚型，以CRF07＿BC和CRF01＿AE亚型为主，分别占46.85%(67/143)、32.87%(47/143)，其次为CRF08＿BC亚型（15.38%,22/143）、B亚型（2.10%,3/143）、C亚型（1.40%,2/143）和CRF55＿01B亚型（1.40%,2/143）；性传播途径为主，占已知传播途径的97.20%(139/143)。HIV-1基因亚型以非核苷类反转录酶抑制剂（non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors,NNRTIs）耐药为主，其中E138A(5/143)和K103N(4/143)位点突变率较高；HIV-1感染者存在NNRTIs及蛋白酶抑制剂（protease inhibitors,PIs）交叉耐药。结论 2021年，性传播是导致贵阳市HIV-1感染者基因亚型多样性的重要原因，HIV毒株处于中度耐药水平，应持续加强HIV感染者耐药监测，预防耐药毒株的传播。
2024年02期 v.14 176-181页 [查看摘要][在线阅读][下载 1135K] - 张慧敏;梁舒;姜中毅;王彪;张慧;蒋小娟;董茂星;成瑶;姚进喜;于德山;
目的 了解甘肃省人群血清新型冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARSCoV-2，简称新冠病毒）IgG抗体水平，为疫情防控提供重要血清学依据。方法 采用整群抽样方法，于2023年2月选取甘肃省14个市/州和兰州新区，每个市/州分别选取2个县/区，按照0～<5、 5～<15、15～<25、25～<60、60～<80、≥80岁6个年龄段进行抽样。对调查对象开展新型冠状病毒感染状况、疫苗接种情况等回顾性调查，同时采集调查对象外周静脉血，用化学发光法检测SARS-CoV-2 IgG抗体。分别采用χ~2检验和Kruskal-Wallis H检验对抗体阳性率和抗体浓度进行统计学分析。结果 有效调查6 238人，出现发热、咽痛等呼吸道症状者5 302人，占85.00%，自诉未发病者303人，占4.86%，不清楚是否发病的占10.15%(633人)。血清SARS-CoV-2 IgG总阳性率为96.31%(6 008/6 238)，抗体浓度（发光值）为66.99(41.83,83.49)。自诉发病组（含确诊）、自诉未发病组和不清楚是否发病组抗体阳性率分别为97.25%(5 156/5 302)、89.11%(270/303)和91.94%(582/633)。各市/州人群抗体阳性率差异有统计学意义（χ~2=87.17,P<0.05）;5～<80岁人群抗体阳性率最高（97.07%,5 174/5 330）,80岁以上老人抗体阳性率最低（90.57%,586/647），各年龄组抗体阳性率差异有统计学意义（χ~2=91.80,P<0.05）；医护人员、学生抗体阳性率较高，分别为98.41%(806/819)和97.87%(1 242/1 269)，不同职业抗体阳性率差异有统计学意义（χ~2=49.25,P<0.05）。完成新冠病毒疫苗接种2剂次及以上者5 775人，占总调查人数的92.58%,5岁以下儿童全程接种率最低（28.74%,75/261），其次为80岁以上老人（85.16%,551/647）,5～<80岁人群全程接种率为96.60%(5 149/5 330)，不同年龄组间疫苗接种率差异有统计学意义（χ~2=1 723.87,P<0.05）。自诉发病组完成接种2剂次及以上者占93.34%(4 949/5 302)，抗体阳性率为97.25%(5 156/5 302)；自诉未发病组全程接种率和抗体阳性率分别为86.47%(262/303)和89.11%(270/303)；自诉不清楚是否发病组全程接种率和抗体阳性率分别为89.10%(564/633)和91.94%(582/633)；自诉发病组、自诉未发病组和不清楚是否发病组疫苗全程接种率和抗体阳性率差异有统计学意义（χ~2=24.13、91.33,P<0.05）。结论 甘肃省人群新冠病毒抗体维持在较高的水平，SARSCoV-2疫苗全程接种率>90%，短期内再次引起人群大规模感染的风险较低。应继续开展人群血清抗体水平动态监测和中和抗体监测及针对目前新的变异株抗体的监测，为新冠病毒疫情防控提供更多依据。
2024年02期 v.14 182-188页 [查看摘要][在线阅读][下载 1233K]